A Danubio, llegó en el año 1977, en los inicios de su carrera como entrenador. Danubio venía de hacer una muy mala campaña en la Liga Mayor, había salido penúltimo y Cubilla con algunos retoques alcanzó el 4° puesto en el Campeonato Uruguayo, logrando la clasificación a la Liguilla.
Antes de comenzar la Liguilla, habló con Nelson Ciapessoni, por entonces presidente danubiano y le dijo “si me consigue plata para premios y que se paguen después de cada partido, clasifico a Danubio a la Libertadores”. Lo que parecía una utopía la transformó en realidad…. Danubio le ganó a Nacional en 3 días dos veces y ... la franja inscribió por primera vez su nombre en la legendaria copa.
Luego de ocho años, en 1986, retornó al club y nuevamente para sacarlo de una situación difícil. No solo lo logró, sino que comenzó a formar un equipo juvenil, al que incorporó a un par de foráneos. Durante 1987 lo terminó de moldear y al siguiente ya con la batuta de Ildo Maneiro explotó …. fue el fabuloso Danubio de 1988.
Luis Cubilla, un grande del fútbol uruguayo que también dejó su impronta en Danubio. Que en paz descanse.