En este 2016 las divisionales más destacadas fueron Sub19 y Sub17. En la Tabla General que suma las tablas de las cinco categorías Danubio finalizó en el 5° lugar.
La Sub19 dirigida por Pablo Gaglianone ganó el Campeonato Uruguayo al triunfar ante Defensor Sporting en la final.
La Sub17 de Raúl Salazar también se quedó con el Uruguayo tras ganarle Defensor Sporting la semifinal y a Peñarol la final.
Danubio tuvo como máximos goleadores del año en sus categorías a Santiago Paiva (Sub17) y Marcos Camarda (Sub15).
RESUMEN POR CATEGORÍA
Sub19 (Cuarta División) - CAMPEÓN URUGUAYO
Torneo Inicial 1° (Campeón)
Torneo Apertura 3°
Torneo Clausura 1° (Campeón)
Anual 1°
Goleadores: Agustín Navarro 13, Santiago Ramírez 10, Fabricio González 9, Juan Yangurde 9.
Sub17 (Quinta División) - CAMPEÓN URUGUAYO
Torneo Inicial 2°
Torneo Apertura 1° (Campeón)
Torneo Clausura 4°
Anual 2°
Goleadores: Santiago Paiva 35, Rodrigo Castro 21, Denis Olivera 14.
*Santiago Paiva fue el goleador de la divisional con 35 tantos.
Sub16
Torneo Inicial 2°
Torneo Apertura 6°
Torneo Clausura 3°
Anual 4°
Goleadores: Marcos Camarda 26, Ezequiel Batista 16, Thomás Chacon 12, Cristian Álvez 12.
*Marcos Camarda fue el goleador de la categoría con 26 tantos.
Sub15 (Sexta División)
Inicial 5°
Apertura 6°
Clausura 9°
Anual 7°
Goleadores: Juan Manuel Gutiérrez 16, Santiago Correa 14, Emanuel Da Rosa 8, Facundo Silvera 8.
Sub14 (Séptima División)
Inicial 2°
Apertura 7°
Clausura 6°
Anual 6°
Goleadores: Mateo Cano 27, Lucas Disabella 27, Mateo Torres 12.